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As aventuras de MegaMan se passam alguns séculos adiante do terceiro milênio, quando a humanidade vive uma nova era: a da internet. Todas as pessoas carregam o último nome em tecnologia informatizada, o PET, sigla de Personal Terminal ou Terminal Pessoal. Com esse terminal todos controlam tudo o que estiver ligado a um computador. No futuro tudo estará conectado. É possível controlar sistemas de abastecimento de água, luz, mandar e-mails, fazer a lição de casa, controlar a segurança, fazer compras e até mesmo ligar e desligar a sua tv. É possível fazer de tudo, das tarefas mais simples às mais complicadas. Tudo depende do PET.
Dentro desses incríveis computadores existe um programa de inteligência artificial chamado NetNavi (o diminutivo de Net Navigator). É uma espécie de amigo digital que ajuda as pessoas a realizarem todas as suas tarefas. Enquanto, por um lado, a invenção dos PET e dos NetNavis trazem muitos benefícios para a humanidade, por outro lado vírus de computador e hackers espalham sua onda de crimes tecnológicos. E isso se torna um grande problema.
Lan Hikari é um garoto que vive na cidade de DenTech. O pai de Lan, um cientista que mal pára em casa ocupado com suas pesquisas, faz para ele um NetNavi quando ele completa a quinta série. O NetNavi de Lan se chama MegaMan.
Lan e seus amigos Dex, Maylu e Yai, da escola de DenTech, - e seus respectivos NetNavis: MegaMan, GutsMan, Roll e Glide - formam um time para acabar com a onda de crimes cibernéticos provocados por uma terrível organização criminosa. Essa organização é a Mundo Três e ela pretende dominar o mundo de todo jeito. MegaMan enfrenta os NetNavis vilões e os vírus de computador da Mundo Três. Algumas vezes é ajudado pelos Net Agentes Secretos ou pelo genial Chaud, um lutador oficial da rede.