Ao sofrer o ataque invasivo de um dos Anjos, Rei se dá conta de seus reais sentimentos – a própria solidão e a ternura que sente por Shinji. Quando a ameaça do Anjo volta-se contra a Unidade 1, Rei protege Shinji, se auto explodindo com o EVA. Perder a garota deixa Shinji muito abalado, mas logo surge a notícia de que Rei havia sobrevivido. Porém, ela não parece ser mais a mesma.

Em meio a tudo isso, Ritsuko é interrogada pela SEELE, o que nos leva a descobrir mais do seu passado, sua relação com o comandante Ikari e a verdade sobre Rei…